sábado, 14 de novembro de 2020

Terminologia COVID-19 - Parte 1: O que é um clado e quais são os clados SARS-CoV-2?

 

Fonte: Terminologia COVID-19 de 14 de novembro de 2020

Terminologia COVID-19 : Descobriu-se que muitos de nossos leitores tiveram problemas para entender certa terminologia usada frequentemente em vários artigos, incluindo termos como mutações, isolados, variantes, cepas, antígenos, anticorpos etc. e decidimos começar uma nova série para explicar certa terminologia aos leitores. Como COVID-19 deve estar conosco pelos próximos 10 anos (esqueça as vacinas .. o mínimo que eles podem fazer é oferecer proteção de curto prazo, mas a custos de longo prazo ... e as vacinas não serão capazes para erradicar a pandemia COVID-19), será útil conhecer e compreender toda essa terminologia usada com freqüência. 




O coronavírus SARS-CoV-2, desde sua estreia em dezembro de 2019 em Wuhan, província de Hubei, China, começou a sofrer mutações rapidamente. Mutações são comuns em coronavírus, e o SARS-CoV-2 tem muitos clados diferentes.

 

É importante ressaltar que esses clados podem fornecer aos cientistas informações sobre onde certas cepas do vírus estão concentradas e como esses diferentes clados podem impactar a virulência do SARS-CoV-2, a velocidade de propagação da doença e sua resistência a medicamentos antivirais.

 

Basicamente, um clado é um termo para um grupo de organismos que se originam de um ancestral comum e é amplamente usado na biologia. Usando a filogenia, que é a história evolutiva de um grupo de organismos, o desenvolvimento de mudanças em um conjunto de organismos descendentes pode ser rastreado.

 

No campo da virologia, um clado descreve grupos de vírus semelhantes com base em suas sequências genéticas, e as alterações nesses vírus também podem ser rastreadas por meio da filogenia. O sequenciamento rápido do genoma é o método pelo qual os desenvolvimentos na composição genômica de um vírus podem ser rastreados.

 

O coronavírus SARS-CoV-2 é, ele próprio, um clado da família dos vírus coronaviridae e do gênero betacoronavírus. Geralmente, as variações genéticas de um vírus são agrupadas em clados, que também podem ser chamados de subtipos, genótipos ou grupos.

 

O processo de sequenciamento rápido do genoma pode ajudar a descobrir rapidamente onde um indivíduo foi infectado com um determinado clado de SARS-CoV-2. Por exemplo, os primeiros quatro casos de COVID-19 em New South Wales, Austrália, foram considerados intimamente relacionados à cepa dominante de SARS-CoV-2 encontrada em Wuhan, e esses quatro primeiros casos foram todos em pessoas que tinham recentemente voltou de uma viagem na China. Isso significa que as viagens podem ser restritas entre a China e a Austrália para limitar o número de pessoas infectadas que viajam de e para os dois países.

 

Foi mencionado em um estudo publicado na revista: Virus Evolutionem abril de 2020, também foram rastreados casos da Austrália ao Irã, onde se descobriu que os genomas eram todos de um grupo monofilético caracterizado por três substituições de nucleotídeos no genoma SARS-CoV-2, quando comparado com a cepa protótipo de Wuhan. https://academic.oup.com/ve/article/6/1/veaa027/5818738

 

Em 14 de novembro de 2020, havia mais de 201.306 genomas completos e de alta cobertura disponíveis na Iniciativa Global para Compartilhamento de Dados da Gripe Aviária (GISAID ) https://www.gisaid.org/

 

Um artigo de pesquisa publicado no < ; em> International Journal of Infectious Diseases (IJID) em 22 de agosto de 2020, descobriu que havia cinco clados de SARS-CoV-2 que foram caracterizados por 11 principais mutações em todo o mundo. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220306810

 

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.25902

 

https://www.nature.com/articles/s41564- 020-0770-5

 

Houve um aumento da dominância de um ou dois clados em cada localização geográfica incluída no estudo.

 

Os cinco clados foram: D 392,  G 614,  I 378,  S 84 e  V 251.

 

Observe que cada um desses clados também pode ter uma variedade de mutações.

 

Além disso, há novos clados e mutações sendo descobertas que não foram incluídas aqui até o momento.

 

O Clade G 614 foi mais amplamente difundido na Europa e na América do Norte depois de ser trazido para os continentes por pessoas que viajavam da China, e o domínio do clado G 614  pode ser devido ao aumento da longevidade do vírus que essa mutação em particular causa.

 

É importante ressaltar que a maioria dos genomas que não foram categorizados em um clado principal pelo estudo são encontrados na Ásia e foram detectados no início da pandemia.

 

É importante, no entanto, notar que este estudo foi limitado pela gama de dados genômicos disponíveis, que vieram apenas de algumas regiões. Como resultado, novos clados podem se tornar aparentes no futuro, à medida que mais regiões geográficas disponibilizam dados genômicos.

 

Outro estudo realizado pela Organização Mundial da Saúde (OMS) mostrou como o genoma SARS-CoV-2 evoluiu à medida que se espalhou pelo mundo. https://www.who.int/bulletin/volumes/98/7/20-253591/en/

 

Estranhamente, este estudo não mostrou como essas evoluções mudaram a virulência do vírus, mas mostrou que o SARS- mais comum O clado CoV-2 foi a variante D614G dentro dos seis clados e 14 subclados que identificou.

 

A pesquisa incluiu 10.022 genomas SARS-CoV-2 de 68 países diferentes. No total, a OMS detectou 65.776 variantes e 5.775 variantes distintas, que compreendiam:

 

2.969 mutações missense

1.965 mutações sinônimas

484 mutações em regiões

não codificantes 142 deleções não codificantes

100 deleções in-frame

66 inserções não codificantes

36 variantes stop-

gain 11 deleções frameshift

Duas inserções in-frame.

 

É importante ressaltar que a variante D614G está localizada no epítopo da célula B e descobriu-se que tem uma região muito imunodominante, o que pode afetar o quão bem uma vacina pode funcionar contra ela.

 

Além disso, o maior clado encontrado no estudo da OMS foi o D614G, que possui cinco subclados associados. A variante não codificante 241C> T, junto com 3037C> T e ORF1ab P4715L foram encontrados na maioria das amostras no clado D614G.

 

Além disso, quase todas as cepas que tinham uma mutação D614G apresentavam mutações em proteínas que controlam a replicação viral, o que tem implicações na rapidez com que o vírus pode se multiplicar. Esta proteína em particular é o alvo dos medicamentos antivirais remdesivir e favipiravir. É possível que cepas de SARS-CoV-2 rapidamente se tornem resistentes aos medicamentos que têm como alvo essas proteínas.

 

Em seguida, o segundo maior clado identificado pelo estudo da OMS foi o L84S, que compreende dois subclados. L84S foi um clado encontrado em pessoas que viajavam de Wuhan nas primeiras fases do surto de SARS-CoV-2.

 

Importante, conforme mencionado no estudo de agosto no International Journal of Infectious Diseases (IJID), afirma-se que enquanto a replicação do genoma está ocorrendo no hospedeiro, o SARS-CoV-2 sofre mutações no genoma que podem ser transmitidas aos genomas descendentes e novos hospedeiros à medida que é disseminado entre as pessoas.

 

Até o momento, a pandemia de SARS-CoV-2 afetou 188 países em todos os continentes, exceto a Antártica.

 

O clado A2a, que foi introduzido em Nova York pela Europa e Itália, está concentrado na costa leste dos EUA. O  clado B 1 predomina na costa oeste dos EUA. O clado G 614  se espalhou globalmente, enquanto nos estágios iniciais da pandemia, S84 era o clado predominante na Ásia quando os genomas não atribuídos são excluídos.

 

Os dados da investigação da OMS sobre os locais em que certos clados e subclados são comuns incluem:

 

L84S / p5828L / subclade nos EUA

G251V no Reino Unido, Austrália, EUA e Islândia.

 

O coronavírus SARS-CoV-2 provou ser um vírus geneticamente diverso que agora se tornou endêmico em humanos. Identificar e rastrear clades que se tornam dominantes em certas regiões geográficas pode informar o desenvolvimento de vacinação eficaz, já que certos medicamentos antivirais podem não funcionar contra as formas mutadas do vírus ou clades do vírus que desenvolveram resistência por meio de mutação genômica.

 

Até o momento, existem tantas novas mutações e variantes emergentes e apenas algumas foram devidamente identificadas, algumas pertencem a esses clados existentes e outras não. Algumas dessas novas cepas emergentes não são apenas resistentes a anticorpos e drogas, mas algumas até têm modos mais novos de escapar do sistema imunológico do hospedeiro humano.

 

Para obter mais informações sobre a terminologia COVID-19 e informações básicas, continue acessando.



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