sexta-feira, 14 de agosto de 2020

NOTÍCIAS DE ÚLTIMA HORA! COVID-19 Genomics: Emory University Research adverte que cepas de SARS-CoV-2 recombinantes emergentes já estão ocorrendo

 

Fonte: COVID-19 Genomics, 14 de agosto de 2020,

COVID-19 Genomics : Pesquisadores da Emory University-Atlanta confirmaram que os eventos de recombinação entre as cepas virais da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2) já estão ocorrendo e detectaram a presença de tais cepas recombinantes.

Os resultados da pesquisa foram publicados em um servidor de pré-impressão e estão atualmente sob revisão por pares. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.08.05.238386v1

 

O vírus causador SARS-CoV-2 tem estado sob intensa pesquisa e escrutínio epidemiológico principalmente devido ao potencial de recombinação viral, que pode resultar em genótipos virais com características fenotípicas modificadas - incluindo transmissibilidade, patogenicidade e virulência alteradas.

 

A propensão para recombinação entre o grupo mais amplo de Betacoronavírus está bem estabelecida, daí a necessidade de estar em vigilância constante.

 

Um número bastante pequeno de locais polimórficos, filogeneticamente informativos no genoma SARS-CoV-2 implica que a detecção de genomas recombinantes é incômoda e altamente dependente da identidade dos clados parentais.

 

Mas, mesmo apesar dessas desvantagens, dois estudos já relataram recombinantes entre diferentes cepas de SARS-CoV-2.

 

Pesquisadores da Emory University e do Emory-UGA Center of Excellence for Influenza Research and Surveillance (CEIRS) em Atlanta (Estados Unidos) decidiram revisitar essas descobertas, utilizando uma nova abordagem de análise para elucidar a recombinação potencial dentro do SARS-CoV-2.

 

O estudo empregou uma abordagem de quatro etapas para localizar genomas SARS-CoV-2 recombinantes. Primeiro, as mutações que definem o padrão clonal de herança foram caracterizadas, seguidas pela identificação de genomas que violam esse padrão. Em seguida, os pesquisadores identificaram e refinaram os limites da transferência genética e finalmente avaliaram a plausibilidade da transferência, determinando a co-circulação potencial de clades parentais previstos.

 

Vários genomas foram baixados dos bancos de dados de genomas GISAID e posteriormente filtrados para excluir sequências de baixa qualidade. Além disso, os genomas foram alinhados de acordo com o genoma da sequência de referência do NCBI usando um programa de alinhamento de múltiplas sequências conhecido como MAFFT.

A estrutura de clado do SARS-CoV-2 é estruturada predominantemente por 37 SNPs que definem o clado. (A) Filogenia de máxima verossimilhança baseada no modelo General Time Reversible com sítios invariantes de 9783 sequências de genoma únicas de alta qualidade com <1% de Ns. 14 clados monofiléticos foram identificados manualmente. Esses clados geram ally correspondem aos clados SARS-CoV-2 definidos em Nextstrain (Hadfield et al., 2018), embora uma fração deles esteja em resolução mais alta do que os clados Nextstrain. Os clados definidos aqui são nomeados pela designação de clado Nextstrain (por exemplo, 20B) seguida por um número de subclado (por exemplo, -1). A barra de escala está em substituições por site. (B) Diferenças de pares entre os perfis SNP que definem o clado de todos os 14 clados. (C) Localização e identidade de nucleotídeos de SNPs que definem o clado e (D) sua frequência entre os genomas SARS-CoV-2.

. Também foram identificados clados como grupos monofiléticos situados dentro de uma árvore filogenética de máxima verossimilhança construída a partir de 9.783 sequências genômicas exclusivas de alta qualidade empregando PhyML (ou seja, um pacote de software que analisa alinhamentos de sequências de nucleotídeos ou aminoácidos em uma estrutura filogenética com o uso de estatísticas modernas abordagens).

 

Para visualizar o suporte empírico para a recombinação, os pesquisadores realizaram análises filogenéticas em subconjuntos do genoma viral SARS-CoV-2, que se correlacionam com trechos do genoma delimitados por regiões inferidas de transferência.

 

Eles objetivaram avaliar, com base em considerações geográficas, a viabilidade de eventos de transferência necessários entre os clados parentais previstos para gerar os recombinantes que foram observados neste estudo. Os resultados que obtiveram foram bastante esclarecedores.

 

O estudo revelou recombinação em cinco genomas SARS-CoV-2,

 

Dr. Anice C. Lowen, professor do Departamento de Microbiologia e Imunologia da Emory University, Atlanta, disse à Thailand Medical News: "No total, examinamos 47.390 genomas únicos e identificamos cinco genomas que são fortes candidatos por terem evoluído por meio da recombinação entre dois clados parentais distantemente relacionados. ”

 

As sequências estavam ligadas a infecções dos Estados Unidos, Reino Unido e da China; além disso, cada um desses genomas abriga marcadores filogenéticos de dois clados SARS-CoV-2 distintos, e cada genoma recombinante foi encontrado para se agrupar firmemente com os clados progenitores previstos nas regiões de transferência.

 

Levando em consideração o último, os clados progenitores previstos dos genomas recombinantes mencionados acima foram (com uma exceção) relatados como co-circulando no país da infecção nas duas semanas anteriores ao processo de coleta de amostra.

 

O Dr. Lowen, um co-pesquisador do estudo acrescentou: "Ao identificar as alterações de nucleotídeos que sustentam a filogenia clonal de SARS-CoV-2, estabelecemos critérios para identificar genomas recombinantes putativos e para avaliar sua plausibilidade".

 

Os pesquisadores enfatizaram a necessidade de monitorar os recombinantes de alta aptidão.

 

A equipe do estudo comentou: "Em última análise, nossos resultados sugerem que a recombinação entre cepas de SARS-CoV-2 está ocorrendo, mas esses genótipos quiméricos permanecem raros. À medida que a pandemia continua a se expandir, a diversidade genética da população de SARS-CoV-2 aumentará, tornando mais fácil detectar genomas recombinantes. ”

 

Os novos genomas recombinantes que os pesquisadores identificaram neste estudo podem não pertencer a linhagens recombinantes maiores e persistentes. Em vez disso, podem representar observações fugazes em linhagens que não foram estabelecidas com sucesso ou foram extintas.

 

No entanto, o número crescente de mutações também aumentará a possibilidade de que genomas recombinantes exibam características fenotípicas modificadas que podem impactar a aptidão. Por outro lado, a heterogeneidade da transmissão significa que há uma chance muito menor de qualquer infecção viral formar uma linhagem persistente.

 

O principal, entretanto, é que este estudo mostra que a recombinação já está ocorrendo no SARS-CoV-2, análises em tempo real e esforços de vigilância aumentados (como este) devem ser encorajados a fim de monitorar a circulação e possível disseminação de alta genótipos virais recombinantes fitness, alertam os pesquisadores.

 

Para obter mais informações sobre o COVID-19 Genomics , continue acessando.

Por favor, ajude a doar para sustentar este site e outras pesquisas que estamos promovendo. Obrigado. https://www.thailandmedical.news/p/sponsorship


Nenhum comentário:

Postar um comentário

QUEBRA! Notícias do Coronavirus: Estudo do Hospital Geral de Massachusetts confirma de forma alarmante que as crianças propagam silenciosamente o COVID-19

  Fonte: Coronavirus News 20 de agosto de 2020, 6 dias atrás Notícias do Coronavirus : Um novo estudo confirmou que uma alta proporção de ...